南宁清真寺建成后曾经历过几次较大的重建或改建，康熙年间(1717年)由宛平公捐资买地改建于今址。至靖嘉庆年间又由邑人集资加以修耸重建，咸丰七年（1857年）又毁于兵乱，同治五年（1866年）又重修，民国十三年再由宋振波经手加以修建，沿用至解放后。文化革命动乱期间，清真寺前座尽遇破坏，并改建为他用，宗教活动停止。1979年拆除旧寺改建新寺。1980年党和人民政府落实民房产归还清真寺后，1981年再由回族工程师马骏驷设计，
建筑特点
南宁清真寺红平瓦屋面，砖楼地面。立面造型为仿阿拉伯伊斯兰教堂式样园尖顶，拱券式门窗。设有大厅、礼拜大殿、望月楼、办公室、经学班教室及学生宿舍。寺内尚存“重建清真寺”及“清真寺懿馨会碑记”两块碑石。
大殿四壁外表用白色瓷砖装修，光洁明净，正西米哈拉布（四壁）镶嵌有用瓷砖绕制的彩色经文，大段可容纳100多人同时礼拜，常有外地穆斯林来寺礼拜，有教民2700多人，均属回族。寺内现保存有《重建清真寺碑》等文物。
规模建制
南宁清真寺建筑面积1890平方米，占地面积953平方米。该寺为两层硬山式砖木结构建筑，抬梁木构架，木楼板，小清瓦屋面;通进深15.10米，面宽3间计13米;左侧设花园，右侧设天井及杂物用房。寺内悬挂多块扁额，木柱上亦多刻有对联。一层开设饮食服务店，以便自养，部分房间为净水堂；二楼为会议厅、宿舍和办公室；大殿在三楼。
历史沿革
初建
南宁清真寺始建于始建于该寺创建于清顺治年间（1644年一1661年），是当时广西提督马雄（宁夏固原人）倡议并带头集资建成的。初建时，寺座落在北城门外镇北桥附近。修缮重建
清代顺治年间(1644—1661年)。
重新建成现状。清真寺共三层，仿阿拉伯建筑风格，寺门圆拱形，寺冠呈圆形拱顶，建筑面积1300多平方米，底层为群众集会活动场所，二楼是会议厅及办公室和阿訇住房，三楼为礼拜殿，可容纳200余人礼拜。
地理交通
南宁清真寺是广西壮族自治区首府唯一的一座清真寺，位于南宁市新华街25号，原址位于仓西门外（今解放路一带）。